La difficile succession du roi René, mort en 1480, amène le rattachement de la Provence au royaume de France en 1482. Capitale provinciale, Aix s’impose bientôt comme capitale administrative régionale en accueillant, à partir de 1501, à côté de la Chambre des Comptes, le Parlement de Provence. Ces fonctions administratives renouvelées qui installent, dans l’ancien palais comtal, ces deux cours souveraines, ouvrent la société aixoise à une élite régionale qui va faire le prestige de la ville et sera le moteur de son développement jusqu’à la fin de l’Ancien Régime.

- Ecole Française début XVIIè Le siège d’Aix...Epernon - Musée Granet Aix © B.Terlay
Les changements structurels que connaît alors la société accompagnent un contexte politique tendu, marqué par les épisodes militaires qui secouent la Provence tout au long du XVIe siècle, et en premier lieu, les conquêtes impériales. Si, en 1524, la brève occupation de la ville par le connétable de Bourbon allié à Charles Quint, n’a occasionné aucun dommage, la seconde invasion de la Provence par les Impériaux, en 1536, qui a laissé exsangue le pays, a été en revanche marquée par l’incendie du Parlement et celui de la maison commune, détruisant une grande partie de leurs archives. À partir de 1560, le quotidien des Aixois est rythmé par les affrontements entre catholiques et protestants, qui dans leur dernière décennie (de 1584 à 1594), cèdent le pas aux guerres de la Ligue. Face à un Parlement divisé, Aix se place dans le camp des ligueurs. Point culminant de ces guerres civiles auxquelles met fin l’abjuration d’Henri IV, le siège de la ville par les troupes du gouverneur royaliste, le duc d’Epernon, a entraîné une réactivation du système de défense collective et sa modernisation ponctuelle, donnant parfois lieu à des projets plus ambitieux mais avortés comme la mise en défense du nouveau quartier Villeneuve.
Dans ce siècle également troublé par les épidémies et par ces autres fléaux que sont famine et misère, l’autorité municipale se saisit de l’assistance aux démunis et réorganise son équipement hospitalier. Celui-ci s’étoffe, extra-muros, de trois nouveaux établissements : l’hôpital Saint-Jacques (actuel centre hospitalier) édifié en 1518, fondation due au consul Jacques de la Roque qui y unit, en 1531, les autres hôpitaux avant de le céder à la ville ; des infirmeries construites vers 1565, plus au sud, au bord de l’Arc que représente François de Belleforest dix ans plus tard ; l’hôpital de la Miséricorde créé en 1590, sur la place de l’hôtel de ville, pour les pauvres et malades honteux.

- Plan de la ville par François de Belleforest (1573/1575)
Loin d’avoir figé la société qui fait montre d’une large ouverture sur l’extérieur, ces événements difficiles, parfois même dramatiques, ont été les catalyseurs de ses évolutions.
Source d’attractivité pour une élite sociale et politique, mais également culturelle, l’accession de la ville à un statut parlementaire a été, sans nul doute, un facteur de dynamisme démographique. Aix retrouve ainsi, au milieu du XVIe siècle, son niveau démographique du début du XIVe siècle, soit environ 15 000 âmes auxquelles s’ajoutent les populations des villages périphériques désertés après la grande peste et qui commencent à se reconstituer, dès avant le début du siècle, dans la zone d’influence de la capitale. La campagne aussi se couvre de bastides qui participent à la reconquête des terres abandonnées au siècle précédent ; tirant profit de la hausse des prix du blé qui quadruplent entre 1570 et 1592, ce sont les notables aixois qui investissent alors massivement dans la terre. En ville, les capacités d’accueil accrues sont un autre indice de la vitalité de la cité et de son ouverture sur l’extérieur : en 1578, sont recensés soixante sept hôtels ou cabarets dans la ville qui ne comptait qu’une vingtaine d’auberges au XVe siècle.
Cette croissance démographique modérée mais constante, qui se maintient en dépit des retours d’épidémie de peste, en 1522, 1546, 1556, 1565, 1580 notamment, est principalement due à l’immigration provençale et extra-provençale ; elle fait d’Aix, au milieu du XVe siècle, une cité comparable à Avignon sur le plan démographique.

- Plan de la ville d’Aix par Merian Zeiller - Vers 1655
Confiné derrière les murs de la fin du XIVe siècle, jusque dans le dernier quart du XVIe siècle, l’habitat urbain reste longtemps emprunt de ruralité à sa périphérie, comme le montre le « vray pourtraict de la ville d’Aix en Provence » dressé par François de Belleforest en 1573-1575. La ville ancienne au tissu habité très dense et morcelé et à la voirie contournée, hérités du Moyen Âge, connaît ses premières tentatives d’aération, peu avant le milieu du siècle, avec la création en 1541 d’une place devant la cathédrale (place de l’Université) qui entraîne le curetage d’îlots et la condamnation du cimetière du parvis, tandis que le projet d’élargir la place du Marché (place aux Herbes), en 1545, en déplaçant la chapelle Saint-Sébastien ne sera réalisé qu’en 1618. L’amélioration des cadres de vie se perçoit également dans les travaux d’adduction d’eau : la Torse est canalisée pour alimenter les fontaines et abreuvoirs de la ville (1542) et le conseil de ville appelle, en 1559, l’ingénieur Adam de Craponne qui a réalisé avec succès la conduite des eaux de la Durance jusqu’à Salon. Se multiplient les mesures pour assainir la ville : pavements et nettoyage des rues, interdiction de laisser le bétail en liberté en ville et de laisser s’écouler les latrines dans les rues… Ce qui fait dire à Jean-Jacques Gloton : « Aix vit au Moyen Age et veut clairement en sortir ».
À partir de 1583, la création du quartier Villeneuve, dans le prolongement du quartier Bellegarde, apparaît comme la première opération immobilière d’envergure réalisée à Aix. Le conseiller au Parlement, Jean de Lacépède, propriétaire du jardin du roi, en est le principal promoteur. Créé au contact de la place dessinée dans les années 1470 par le roi René, ce quartier neuf oppose au parcellaire contourné et serré de la ville médiévale, un urbanisme orthonormé plus régulier et conçu sur des lignes perspectives. Sa fortification, au cours des guerres de la Ligue, probablement entre 1590 et 1593, n’a été que la réalisation précipitée et incomplète d’un projet beaucoup plus élaboré.

- Plan de la ville d’Aix par Jacques Maretz - 1623
Au sein même de l’aire remparée, la topographie religieuse et hospitalière en place au XIVe siècle, ne se modifie que très sensiblement. Pour les établissements conventuels mendiants, le XVIe siècle apparaît, après les grands chantiers de reconstruction du siècle précédent liés à leur transfert intra-muros, et avant les réaménagements des années 1620-1650, comme une période sensiblement plus calme en matière de construction. Seul le couvent des Observantins est édifié durant les premières décennies du siècle, mais il est vrai que la communauté n’est établie à Aix que depuis 1467. Les transformations de ces établissements restent essentiellement liées à la poussée des dévotions particulières. Aux confréries professionnelles qui, comme au siècle précédent, sollicitent de construire leurs chapelles dans ces couvents, s’ajoutent les Pénitents qui font leur entrée discrète dans la société urbaine aixoise. La compagnie des Cinq Plaies de Notre Seigneur fondée dans l’église Sainte-Catherine en 1520, est ainsi reçue successivement à Saint-Laurent, puis aux Cordeliers, pour finalement s’associer aux Carmes en 1563. Les Pénitents Blancs de Notre-Dame-de-Pitié font construire leur chapelle, en 1521, dans l’enclos de l’Observance, au chevet de l’église conventuelle.
L’arrivée de nouvelles communautés régulières, souvent implantées dans les murs d’établissements existants, n’eut également qu’un impact modéré sur la topographie religieuse. Leurs églises qui sont les bâtiments les mieux connus, ont pour la plupart disparu ou ont été reconstruites. C’est le cas de l’église des Servites édifiée, en 1516, au faubourg Saint-Jean, sur un terrain donné par une riche Aixoise, détruite sur l’ordre d’Anne de Montmorency, futur connétable alors « commandant pour le roi de cette province », pour qu’elle ne puisse pas servir à l’offensive menaçante des troupes de Charles-Quint. Pour dédommager les religieux, le conseil de ville leur donne l’église qu’il avait fait bâtir intra-muros sous le vocable de Saint-Antoine et qui prend alors le titre de Notre-Dame-de-l’Annonciade (rue Verrerie). Cet édifice agrandi dans les années suivantes, sera reconstruit au milieu du XVIIIe siècle. À la Seds, à l’emplacement de l’ancienne église Notre-Dame, les Minimes construisent une nouvelle église en 1521, réédifiée à partir de 1556. En 1585, les Capucins soutenus par le conseil de ville et le chapitre de Saint-Sauveur, reçoivent avec ses dépendances, l’ancienne église Notre-Dame-de-Consolation qu’ils réorientent et restaurent.
Face aux paroisses en déclin, ces établissements conservent jusqu’au milieu du XVIe siècle la faveur des fidèles pour l’élection de sépultures.
Les chantiers qui accompagnent ces fondations, participent au renouveau artistique. Aix que ses élites parlementaires ouvrent sur l’Italie et les milieux parisiens, a joué un rôle déterminant dans la pénétration et la diffusion des nouvelles formes architecturales et décoratives de la Renaissance, à travers la province. Cohabitant avec les productions du dernier gothique, ce renouveau reste fortement influencé par les modèles italiens jusque vers 1525. Les portes de la cathédrale Saint-Sauveur achevées par Jean Guiramand en 1510 et la façade de l’église Notre-Dame-de-Consolation initialement ouverte à l’ouest et que Jean-Jacques Gloton propose d’attribuer au même artiste, en sont deux témoins remarquables. À partir de 1525, les influences françaises qui essaiment également depuis Aix, imposent l’élégance de leurs formes, avant de laisser le pas au classicisme au milieu du siècle qui, à la cathédrale, a donné la chapelle rayonnante d’Estienne de Saint-Jean construite à partir de 1576, et le dôme du baptistère, attribués à la famille Laurens par Jean Boyer.
L’éducation est une autre préoccupation de la Renaissance. Les efforts consentis pour la diffusion de l’enseignement qui purent s’appuyer sur l’imprimerie à partir de 1572, traduisent également les mutations et le dynamisme de la société. Les enseignements sont délivrés dans les couvents, à la maîtrise de Saint-Sauveur et surtout, pour le primaire, à l’école de grammaire soutenue par l’autorité communale qui s’implique aussi dans la réorganisation de l’Université et la dote de meilleurs revenus. En 1583, le conseil de ville et les États de Provence projettent d’établir un collège dans le jardin du roi (quartier Villeneuve, rue des Bretons). Ils ont l’appui de l’archevêque qui souhaite confier cet établissement aux jésuites. Sollicité pour donner son aval à un accroissement de taxes destinées à financer le collège, Henri IV crée, en 1603, dans ces locaux, une université nouvelle avec ses quatre facultés, à laquelle il donne le nom de Collège royal de Bourbon. En 1583 également, l’archevêque fonde un séminaire en application des prescriptions du concile de Trente, mais cet établissement n’aura qu’une existence éphémère jusqu’en 1590.